Berdasarkan Peraturan Menteri Agama RI, nomor 96 Tahun 2013, tertanggal 16 Desember 2013 tentang Biaya Kuliah Tunggal (BKT) dan Uang Kuliah Tunggal (UKT) bagi Mahasiswa Baru pada Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri di Lingkungan Kementerian Agama tahun Akademik 2013/2014, maka besaran BKT bagi mahasiswa MPI setiap semester adalah sebanyak Rp.3.896.619, untuk memenuhi BKT maka mahasiswa wajib memenuhi kewajibannya dengan membayar SPP berdasarkan kategori yang telah ditetapkan oleh Rektor. Jika terkategori satu, maka mahasiswa tersebut membayar 0-400 ribu, jika terkategori kedua maka yang bersangkutan membayar 625 ribu rupiah dan jika terkategori ketiga maka yang bersangkutan membayar SPP sebanyak 912 ribu. Untuk mengetahui ketentuan tentang kategori tersebut masih menunggu turunnya SK Rektor sehingga sampai kini belum dibuka pembayaran SPP bagi mahasiswa khususnya angkatan 2013.

Untuk memenuhi selisih dari jumlah pembayaran SPP berdasarkan kategori dengan besaran  BKT tersebut, maka semua mahasiswa mendapat subsidi dari pemerintah pusat dalam anggaran BOPTN (Biaya Operasional Perguruan Tinggi Negeri). Sebab sekiranya mahasiswa MPI tidak mendapat subsidi dari BOPTN, maka setiap mahasiswa MPI angkatan 2013/2014 akan dikena besaran pembayaran SPP Rp.3.896.619 per semester selama delapan semester. Maka dari itu menurut Kajur MPI, Muhammad Yahya, dengan adanya BOPTN, maka mahasiswa MPI hanya membayar Rp. 625 ribu atau maksimal Rp.912 ribu per semester tentu saja dikhususkan bagi mahasiswa angkatan 2013/2014.